本所前身為2007年成立的臺灣文化及語言研究所,及2008年成立的臺灣歷史研究所。因應教育結構的調整及本校轉型,兩所自2011年8月起,正式合併改制為「臺灣歷史文化及語言研究所」。所內分為歷史、文化、語言三組,主要以培養文史及語言相關教學師資、研究人員及人文創意相關產業人才為主。
在整體系所發展及定位上,本所規劃以「臺灣研究」(Taiwan Studies)相關議題為核心,整合不同學科領域,並強調奠基於南臺灣為基礎的跨區域比較研究,以厚植臺灣學之學術基礎。本所在知識理念強調「南方」研究。南方的概念除地緣的概念外,同時也強調在地實踐及知識論的意含,以與主流論述相互協商。整體而言,強調下列三項重點:
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比較性:研究取向上以「南方」及「海洋」兩大概念為主軸研究區域以高高屏區域為基礎,厚植基礎研究資料,作為跨區域比較的基點。
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整合性:根據不同研究人員的領域專長,區分為幾個主要研究群,並整合出一個跨領域的合作團隊。
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融通性:課程部份,在採取分組專業課程前,強調各學科之間的相互交流及互補。